La momentul înființării sale (1824), Museo Egizio era găzduit în clădirea cunoscută sub numele de Collegio dei Nobili, construită începând cu anul 1679 după planurile lui Michelangelo Garove. Aceasta a servit drept spațiu de expunere pentru primele antichități din colecția Drovetti, achiziționată de regele Carlo Felice. În a doua jumătate a secolului al XIX-lea, clădirea a fost extinsă și adaptată noii sale destinații, în urma unor lucrări de modificare realizate de Giuseppe Maria Talucchi și Alessandro Mazzucchetti. Cu toate acestea, muzeul fusese deja deschis publicului încă din anul 1832. Între anii 1903 și 1937, săpăturile arheologice efectuate în Egipt de Ernesto Schiaparelli și, ulterior, de Giulio Farina au adus la Torino aproximativ 30.000 de artefacte. Muzeul a trecut printr-o primă reorganizare a sălilor în 1908 și printr-o a doua, mai importantă, în 1924, cu ocazia vizitei oficiale a regelui. În acest context, pentru a compensa lipsa de spațiu, Schiaparelli a reamenajat noua aripă a muzeului – numită ulterior „aripa Schiaparelli” – unde a expus descoperirile provenind din Assiut și Gebelein. Alte lucrări de renovare și modificare au avut loc în anii '30 (amenajarea Galeriei de Artă) și spre sfârșitul anilor '80 (reconfigurarea Aripii Schiaparelli). O importanță deosebită a avut-o reconstrucția templului săpat în stâncă de la Ellesiya, donat de guvernul egiptean în semn de recunoaștere a sprijinului acordat de Italia pentru salvarea templelor nubiene amenințate de apele barajului de la Assuan. Acesta a fost secționat în 66 de blocuri, transportat la Torino și inaugurat la 4 septembrie 1970. Începând cu anii 1980, parțial ca urmare a numărului tot mai mare de vizitatori, a devenit necesară planificarea unui nou traseu de vizitare, demers care a dus la amenajarea unor noi spații expoziționale. În mod special, reabilitarea și consolidarea structurii de zidărie a Aripii Schiaparelli au creat spații subterane vaste, dedicate activităților arheologice desfășurate la Assiut, Qau el-Kebir și Gebelein. La parter, a fost recuperată o sală spațioasă pentru a găzdui antichități din perioada predinastică și din perioada Regatului Vechi. Atunci când Jocurile Olimpice de Iarnă au avut loc la Torino, în 2006, amplasarea statuilor a fost reconfigurată de scenograful Dante Ferretti.